1.宗庙中藏放祖先神主的屋室。《左传。庄公十四年》：「典司宗祏。」晋。杜预。注：「宗祏，宗庙中藏主石室。」《新唐书。卷一三。礼乐志三》：「建石室于寝园以藏神主，至褅、祫之岁则祭之。」
2.古代藏书的地方。《史记。卷一三○。太史公自序》：「周道废，秦拨去古文，焚灭诗书，故明堂石室、金匮玉版，图籍散乱。」《汉书。卷一。高帝纪下》：「丹书铁契，金匮石室，藏之宗庙。」
3.石洞。《后汉书。卷八六。南蛮西南夷列传。南蛮》：「槃瓠得女，负而走入南山，止石室中。所处险绝，人迹不至。」三国魏。曹植〈苦思行〉：「郁郁西岳巅，石室青葱与天连。」
4.石造的屋室，比喻防守非常坚固。《三国志。卷六五。吴书。王楼贺韦华传。贺邵》：「近刘氏据三关之险，守重山之固，可谓金城石室。」
5.石造的坟墓。《宋书。卷一五。礼志二》：「汉以后，天下送死奢靡，多作石室、石兽、碑、铭等物。」

治理政事的文书档案。《周礼·春官·天府》：“凡官府乡州及都鄙之治中，受而藏之，以詔王察羣吏之治。” 郑玄 注引 郑司农 曰：“治中，谓其治职簿书之要。” 孙诒让 正义引 江永 曰：“凡官府簿书谓之中，故诸《官》言‘治中’、‘受中’，《小司寇》‘断庶民讼狱之中’，皆谓簿书，犹今之案卷也。”

唐代宰相于政事堂审理案件的文书档案。《新唐书。卷一二四。宋璟传》：「张嘉贞后为相，阅堂案，见其危言切议，未尝不失声叹息。」

存放文书档案的资料室。孔目房即文书室。《金瓶梅》第一七回：「教他连夜往县中孔目房里，抄录一张东京行下来的文书邸报。」